Tuy Zanzibar thuộc về Tanzania, nhưng vùng có bầu chủ tịch riêng là nguyên thủ về các vấn đề nội bộ. Amani Abeid Karume được bầu lại vào chức vụ này ngày 30 tháng 10 năm 2005 mặc dù bị ứng cử viên đối thủ Seif Shariff Hamad chỉ trích. Trước đó, cuộc bầu cử này bị nghi ngờ, và vào tháng 1 năm 2001, có ít nhất 27 người biểu tình bị cảnh sát bắn chết.

Zanzibar cũng có Viện Dân biểu riêng để làm luật cho quần đảo này. Viện có 50 ghế được bầu thẳng vào nhiệm kỳ 5 năm. Mỗi người lớn tại Zanzibar có quyền bầu cử.

Đảo Zanzibar có ba miền hành chính: Trung/Nam, Bắc, và Thành thị/Tây. Trên đảo Pemba có hai miền Bắc và Nam.

Vua (Sultan) Zanzibar

1. Majid bin Said (1856–1870)
2. Barghash bin Said (1870–1888)
3. Khalifah bin Said (1888–1890)
4. Ali bin Said (1890–1893)
5. Hamad bin Thuwaini (1893–1896)
6. Khalid bin Barghash (1896)
7. Hamud bin Muhammed (1896–1902)
8. Ali bin Hamud (1902–1911; thoái vị)
9. Khalifa bin Harub (1911–1960)
10. Abdullah bin Khalifa (1960–1963)
11. Jamshid bin Abdullah (1963–1964)

Tể tướng

1. Ngài Lloyd William Matthews (1890–1901)
2. A.S. Rogers (1901–1906)
3. Arthue Raikes (1906–1908)
4. Francis Barton (1906–1913)

Thường trú Anh

1. Francis Pearce (1913–1922)
2. John Sinclair (1922–1923)
3. Alfred Hollis (1923–1929)
4. Richard Rankine (1929–1937)
5. John Hall (1937–1940)
6. Henry Pilling (1940–1946)
7. Vincent Glenday (1946–1951)
8. John Sinclair (1952–1954)
9. Henry Potter (1954–1959)
10. Arthur Mooring (1959–1963)